清初，康熙皇帝已意识到科举考试中的八股文“空疏无用，实于政事无涉”，并于1663年废止八股文考试。

1665年，礼部侍郎黄机上书：“先用经书，使阐发圣言微旨，以观心术。不用经书为文，人将置圣贤之学于不讲，请复。”康熙于是决定在1668年恢复八股文考试。

1738年，兵部侍郎舒赫德上书乾隆皇帝说：“科举之制，凭文而取，按格而官，已非良法，况积弊日深，侥幸日众。应将考试条款改移更张，别思所以遴拔真才实学之道”。乾隆组织讨论之后，发现没人能提出替代科举之方，这次提议暂且结束。

明代绘画，描绘殿试的情景

鸦片战争后，科举的内容开始显现出与现代世界脱节的窘况，加上西学东渐和学校教育的崛起，科举制度渐渐衰落。

1895年，中国在甲午战争中被日本打败，发生在京考会试的举人集体请愿的公车上书事件。康有为、梁启超等举人们的建议之一，便是改革科举，兴办新学。百日维新时，科举内容由八股改为试策论，但在戊戌政变后再次被恢复。1901年，清政府先废除考试用八股文。

到了光绪三十一年，即1905年9月2日，经袁世凯奏请，慈禧太后以光绪帝的名义发布上谕明告：“着自丙午科为始，所有乡会试一律停止。各省岁科考试，亦即停止”。自此延续千年的科举制度正式宣告废除。

科举考试“天梯图”

清政府虽然废止了传统的科举，但并未停止透过考试来从民间选拔人材；而科考千年来深入民心，民间对以考试入士为官之途，仍然有相当的需求。在废科举的同时，清政府同时制订了“留学生考试章程”，吸引归国的海外留学生透过考试进入政府。

1905年至1911年辛亥革命爆发为止，被称为“洋科举”的留学生考试举办过六次，总共取录了1388人。根据规定，在海外高等学校入学三年者可以应考。考试分为两场，首场在学部举行，称“部试”；次场在保和殿举行，称为“廷试”。考试内容包括外文，以及留学生留学时所习科目。考取者按成绩及其学习专业，分别授予各科“进士”、“举人”等传统科举的身份，成绩最佳者更授予翰林编修。当时的各式名衔包括有“格致科进士”、“工科进士”、“商科举人”以至“牙科进士”等等。

贡院内的号舍

20世纪初期北洋军阀统治时期，亦有重提科举制讨论。对此，鲁迅等新文化运动倡导者予以激烈的反驳，其中以《孔乙己》一文为代表，讲的是一名名叫孔乙己的读书人在封建科举制的迫害下受难直至灭亡的悲惨经历，中华人民共和国成立后这篇文章被选入全日制义务教育初中语文课文。而中华人民共和国最高人民法院前三任院长沈钧儒、董必武和谢觉哉则分别是光绪年间进士和秀才。