工程合同争议可以采用以下方式处理:

(1)和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上,就争议的事项达成一致,从而解决纠纷的方式。

(2)调解。调解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。

(3)仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议,将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。

(4)诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后,当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。

【法律依据】

《民事诉讼法》第三条，人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。