电子账套删除保留了纸质凭证是否违法，要看是否造成损失。

《会计法》第四十二条规定：未按照规定保管资料，致使会计资料毁损、丢失的，由县级以上人民政府财政部门责令限期改正，可以对单位处以3000元以上5万元以下的罚款；对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以处2000元以上2万元以下的罚款。

《会计法》第四十四条规定：隐匿或故意销毁依法应保存的会计凭证、会计帐簿、财务会计报告等尚不构成犯罪的，对单位，由县级以上人民政府财政部门予以通报，可对单位并处5千元以上10万元以下的罚款，对于其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以处3千元以上5万元以下的罚款，若上述行为构成犯罪的，依法追究刑事责任。