密码子是由mRNA（信使RNA）分子上的三个核糖核苷酸构成。 而反密码子是由tRNA（转运RNA）分子上的三个核糖核苷酸构成。 密码子上的核苷酸的碱基（即A、U、C、G）与反密码子上的核苷酸的碱基（也是A、U、C、G）的结合遵循碱基互补配对原则，即 A-U , C-G。 如：密码子为AUC的mRNA，它对应的反密码子是UAG。

RNA链经过折叠，看上去像三叶草的叶形，其一端是携带氨基酸的部位，另一端有3个碱基。每个tRNA(transfer RNA）的这3个碱基可以与mRNA上的密码子互补配对。构成RNA的碱基有四种，每三个碱基的开始两个决定一个氨基酸。从理论上分析碱基的组合有4的3次方=64种，64种碱基的组合即64种密码子。

分析20种氨基酸的密码子表，同一种氨基酸可以由几个不同的密码子来决定，起始密码子为AUG(甲硫氨酸) ， 另外还有UAA、UAG、UGA三个密码子不能决定任何氨基酸，是蛋白质合成的终止密码子。

密码子与反密码子的特点：

1、遗传密码子是三联体密码，一个密码子由信使核糖核酸（mRNA）上相邻的三个碱基组成。

2、密码子具有通用性，不同的生物密码子基本相同，即共用一套密码子。

3、遗传密码子不重叠，在多核苷酸链上任何两个相邻的密码子不共用任何核苷酸。

4、密码子具有简并性，除了甲硫氨酸和色氨酸外，每一个氨基酸都至少有两个密码子。这样可以在一定程度内，使氨基酸序列不会因为某一个碱基被意外替换而导致氨基酸错误。