微波杀菌设备是对食物中的水分进行穿透式加热，受热更均匀；光波是从外到内“烘烤”食物。反之，光波函数更简单把食物烧焦，形成养分流失。光波杀菌不适合不耐高温的餐具。另一方面，不能辐照的餐具温度低，热均匀性差，杀菌作用差。微波不能穿透金属，因此微波消毒不适用于金属餐具消毒。

微波杀菌是电磁场热效应和生物效应一起作用的成果。微波对细菌的热效应是改变蛋白质，使细菌失去养分、繁衍和生存条件而逝世。微波对细菌的生物学效应是经过微波电场改变细胞膜截面的电位散布，影响细胞膜周围电子和离子的浓度，从而改变细胞膜的通透性。