宅基地在拆迁的时候补偿分为两部分，一是宅基地补偿，也就是土地的补偿，二是房屋补偿，也就是地上附属物的补偿。 宅基地证是村民合法拥有房屋和用地的权利凭证，原则上，在征地的时候，要根据宅基地证书来进行赔偿。但是，实际处理中，有的地区也会考虑到宅基地管理问题导致的部分村民有地无证的现象，在拆迁的时候由村集体提交有关证明材料，仍然可以得到相应的赔偿。比如济南，在安置房方面，无合法宅基地证的，安置房屋的建筑面积最高不得超过264平方米。在建筑物补偿方面，无合法宅基地证的，认定建筑物面积最高不得超过260平方米，多出的面积，不予补偿。

法律依据：

《国有土地上的房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括: (一)被征收房屋价值的补偿； (二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿； (三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。 市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。