对于房产份额的协议往往发生在婚姻、继承中。如夫妻双方签订婚内财产协议、遗嘱中约定房屋份额等。对于此类协议，只要内容不违背法律、行政法规强制性规定、不违反道德和社会公序良俗，协议在双方签字后即具有法律效力的，双方发生纠纷时也可依据协议内容进行处理。《中华人民共和国民事诉讼法》中第六十九条规定：“经过法定程序公证证明的法律事实和文书，人民法院应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻公证证明的除外”因此，经过公证认定的协议证明效力优于没有经过公证的协议。所以，公证过的协议相当于给协议书的效力加了一道保险，当发生争议对方提出效力问题时，这种主张通常很难被推翻。

法律依据：

中华人民共和国民事诉讼法第六十九条 经过法定程序公证证明的法律事实和文书，人民法院应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻公证证明的除外。