签了商业技术合同营业额达到500万元以上就要扣税。商业技术合同需要缴纳的税费包括了印花税和企业增值税等相关的税费的，其中技术合同的印花税一般是万分之三，最高不会超过万分之五的。同时企业的增值税也是有起征额度的，只有在超过一定的额度的情况下才会收取企业所得税的。

　　签了商业技术合同怎么扣税

　　（一）对于单位和个人从事技术转让，技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。

　　（二）企业符合条件的技术转让所得可以免征、减征企业所得税。一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万的部分，免征企业所得税；超过500万部分，减半征收企业所得税。

　　（三）技术合同减免税由企业申报，经市科技局技术市场管理办公室审核，报省科技厅技术管理办公室批准，具体程序如下：

　　（１）办理技术合同认定

　　（２）填写减免税申请报告表

　　（３）持技术合同正本一份、技术合同认定证明到负责征收的税务机关办理免税手续。

　　法律依据

　　《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条，企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：

　　（一）从事农、林、牧、渔业项目的所得；

　　（二）从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得；

　　（三）从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得；

　　（四）符合条件的技术转让所得；

　　（五）本法第三条第三款规定的所得。