行政复议审查中合法性审查包括：

　　1、行政机关行使的是法定职权。行政机关的设立、变更和撤销以及职权行使的范围，都必须依据法律、法规的规定，超越职权，行使不属于自己的职权，或者侵犯其他行政机关的职权而作出的具体行政行为都属违法；

　　2、作出具体行政行为的客观事实清楚、证据确凿。如果行政机关在没有查清事实、证据确凿的情况下，就作出具体行政行为，那么该具体行政行为就属违法；

　　3、作出具体行政行为适用法律、法规正确。行政机关作出的具体行政行为，适用的法律、法规要与申请人行政违法事实相对应，该适用甲法而适用了乙法，或者该适用某法的甲条而适用了乙条；适用的法律、法规应是行为人行为时有效的法律、法规，也不能是违法的规章或者规章以下的规范性文件。

　　法院审查行政复议案件流程

　　1、申请。申请人申请行政复议，应当在知道被申请人行政行为作出之日起60日内提出（法律另有规定的除外）。因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请；口头申请的，行政复议机关应当当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请行政复议的主要事实、理由和时间。

　　2、受理。行政复议机关收到行政复议申请后，应当在5日内进行审查，对不符合行政复议法规定的行政复议申请，决定不予受理，并书面告知申请人；对符合行政复议法规定，但是不属于本机关受理的行政复议申请，应当告知申请人向有关行政复议机关提出。

　　3、审理。

　　4、决定。行政复议机关应当自受理行政复议申请之日起60日内作出行政复议决定；但是法律规定的行政复议期限少于60日的除外。行政复议决定书一经送达，即发生法律效力。

　　法律依据

　　《中华人民共和国行政复议法》

　　第三条依照本法履行行政复议职责的行政机关是行政复议机关。行政复议机关负责法制工作的机构具体办理行政复议事项，履行下列职责:

　　（一）受理行政复议申请；

　　（二）向有关组织和人员调查取证，查阅文件和资料；

　　（三）审查申请行政复议的具体行政行为是否合法与适当，拟订行政复议决定；

　　（四）处理或者转送对本法第七条所列有关规定的审查申请；

　　（五）对行政机关违反本法规定的行为依照规定的权限和程序提出处理建议；

　　（六）办理因不服行政复议决定提起行政诉讼的应诉事项；

　　（七）法律、法规规定的其他职责。