仲裁经济补偿要交税。但应该由企业代扣代缴。代扣代缴个人所得税是行政法规税法规定的义务。法院属于司法执法。不是行政执法。法院判企业支付工资，企业执行司法程序按判决书支付工资。同时企业又必须执行税务行政法规，支付工资时代扣个人所得税。这是企业执行必须执行的两个法。即执行司法法规和执行行政法规。

　　用人单位可以单方面解除劳动合同情形

　　（1）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响的；需要注意的是，必须是给本职工作造成“严重”影响的。如果影响轻微，用人单位不能以此为由与劳动者解除合同。

　　（2）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，经用人单位提出，拒不改正的。

　　法律依据

　　《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》第六条：凡从事生产、经营，实行独立经济核算，并经工商行政管理部门批准开业的纳税人，应当自领取营业执照之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。其他有纳税义务的单位和个人，除按照税务机关规定不需办理税务登记者外，应当在按照税收法规的规定成为法定纳税人之日起三十日内，向当地税务机关申报办理税务登记。