入职后公司不可以扣员工资格证件，我国《劳动合同法》中明确规定扣员工资格证件或其他证件，就属于违法行为，如果公司长时间扣留资格证件，员工也可以先跟公司协商处理，协商不成的可准备证据申请仲裁。员工向劳动行政部门举报的，将会面临劳动行政部门责令限期改正并予以处罚。

　　以下劳动争议均可申请劳动仲裁：

　　1、因确认劳动关系发生的争议；

　　2、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

　　3、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

　　4、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

　　5、因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

　　6、法律、法规规定的其他劳动争议。

　　法律依据

　　依据《劳动合同法》第9条的规定：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”

　　第84条规定：“扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。”