加班旷工扣工资的计算方式是扣除当天没有来上班的那天的基本工资。1、旷工不得克扣员工工资，旷工只能按事假扣工资，也就是说旷工当天没有工资，不能旷一天罚三天等等，类似做法属于违法行为。2、旷工行为在很多单位属于严重违规违纪行为，可能会被开除，但单位不能扣押员工已上过班的工资。

　　3、有的单位会用其他方式，如按规章制度规定进行行政处罚，而不是直接克扣工资。

　　4、对于旷工扣工资的行为，可以先与单位协商解决，协商不成的，可以到单位所在地劳动监察大队去投诉立案处理。

　　职工有旷工行为公司可以辞退吗?

　　职工有旷工行为公司可以辞退。

　　法律依据：

　　《工资支付暂行规定》

　　第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

　　第十八条，各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

　　（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

　　（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；

　　（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

　　第十九条，劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

　　《中华人民共和国劳动合同法》

　　第三十九条【用人单位单方解除劳动合同（过失性辞退）】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

　　（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

　　（二）严重违反用人单位的规章制度的；

　　（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

　　（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

　　（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

　　（六）被依法追究刑事责任的。