旷工后三天内劳动关系是否存在，需要根据公司的章程来处理的，如果公司制度中有该规定，旷工三天是属于违反公司制度的，可以进行辞退，那么劳动关系就不在存在。即使员工去申请劳动仲裁，公司也会胜诉。因为目前我国的《劳动合同法》并没有对旷工三天能不能辞退做出明确的规定。

　　员工旷工三天扣工资合法吗？

　　员工旷工三天扣工资是合法的。《劳动法》第50条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。

　　相关法律依据

　　《劳动合同法》第三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

　　1、在试用期间被证明不符合录用条件的；

　　2、严重违反用人单位的规章制度的；

　　3、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

　　4、劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

　　5、因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

　　6、被依法追究刑事责任的。