辞退员工扣发工资是不合法的。根据《工资支付暂行规定》第十九条规定，如果劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。如果由于劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。

　　公司可以辞退职工的情形

　　1、员工有下列情形之一的，用人单位可以随时解除劳动合同：

　　（一）在试用期内被证明不符合录用条件；

　　（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度；

　　（三）严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害；

　　（四）被依法追究刑事责任。

　　2、有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前30日以书面形式通知员工本人：

　　（一）员工患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作；

　　（二）员工不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作；

　　（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议。但用人单位未提前30日通知员工的，应当支付该员工当年一个月月平均工资的补偿金。

　　法律依据：

　　《工资支付暂行规定》

　　第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

　　第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

　　第十八条：各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

　　（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的。

　　（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的。

　　（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

　　第十九条：劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。