职能管辖冲突表现为对同一刑事案件，公安机关、人民检察院或者法院分别享有一定的管辖权，究竟由哪一个机关管辖，难以确定。在实践中，职能管辖不明的情形主要发生在犯罪嫌疑人、被告人(以下统称为受刑事追诉者)犯数罪的案件中。可能发生在立案之前，也可能发生在某一司法机关立案后的侦查或者审理过程中。

　　一、受刑事追诉者所犯数罪分别属于法院和公安机关或者人民检察院管辖的数罪案件的管辖权属问题：

　　受刑事追诉者犯有数罪，有的罪属自诉案件的罪行，应当由法院管辖，另有的罪属于案件的罪行，应该由公安机关或者人民检察院管辖。这是实践中常见的一类情形。

　　二、犯罪嫌疑人犯有数罪，各罪分别属于公安机关和人民检察院管辖，其冲突的解决：

　　对此，可以按照以下两种原则来处理：

　　1、次罪随主罪管辖的原则。在立案之前，如果能够根据控告、举报、报案或者犯罪嫌疑人的自首等材料，分清主罪和次罪的，应该由对主罪享有管辖权的机关统一侦查，对次罪有管辖权的机关积极配合。

　　2、优先管辖原则。这主要适用于以下两种情况：一种情况是立案前主罪和次罪难以分清，而又不能通过协商予以解决的，各部分罪行应当统一由最先接到报案、控告、举报、犯罪嫌疑人的自首等立案材料的机关立案侦查，另一个机关积极协助。另一种情况是公安机关或者人民检察院在立案后的侦查过程中，发现犯罪嫌疑人还犯了属于人民检察院或者公安机关管辖的罪行。如果已立案侦查的罪行是主要罪行，则由立案机关为主进行侦查;如果新发现的罪行或者犯罪嫌疑人新犯的罪行是主罪，则可以由对该罪行有管辖权的机关为主进行侦查。

　　三、几种特殊案件管辖冲突的解决办法：

　　1、几种非数罪案件管辖冲突的解决办法

　　这又大体上可以分为两种情况：第一，想象竞合犯与牵连犯罪案件的管辖权属问题。案件应当由对重罪有管辖权的机关管辖，但法律有规定的除外。第二，吸收犯案件的管辖权属问题。确定此类案件的管辖权，也是要根据相应案件的实体处理原则。在实体上，对吸收犯案件的处理实行重行为吸收轻行为、主行为吸收从行为的原则，仅仅以吸收行为来定罪处罚。在程序上，一般也应当“吸收行为管辖原则”。

　　2、公检法三机关因案件定性的分歧而导致管辖冲突的解决办法

　　公安机关和人民检察院在立案之前，由于双方对案件的定性存在重大分歧，也可能导致管辖不明甚至管辖冲突。此类情况，两个机关首先应当协商解决。通过协商，仍然解决不了的，则应当由最先接到报案、举报、控告、自首等立案材料的机关立案侦查。经过侦查，依据查明的事实、证据、刑法和刑事诉讼法的有关规定，正确认定案件性质和作出妥当的处理。