刑事案件在侦查阶段没有指定管辖，在起诉阶段才有指定管辖。管辖不明案件由上级法院指定下级法院管辖，有管辖权的人民法院因特殊原因不能行使管辖权，由上级法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，协商不成，报请共同上级法院指定管辖。接受移送案件的人民法院认为移送的案件不属于本院管辖，报请上级法院指定管辖。

　　什么叫指定管辖案件

　　指定管辖，是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。由于刑事诉讼法及相关的司法解释只规定了立案管辖和审判管辖，实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：

　　1、在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉；

　　2、是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。

        法律依据

　　《公安机关指定管辖规定》

　　第十五条刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。

　　第十九条对管辖不明确或者有争议的刑事案件，可以由有关公安机关协商。协商不成的，由共同的上级公安机关指定管辖。

　　对情况特殊的刑事案件，可以由共同的上级公安机关指定管辖。