1、具体分类中不适合由法院受理的案件，比如告诉才处理的犯罪、人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微的刑事案件。被害人有证据证明自己被侵犯被告人，应当追究刑事责任，而公安机关或人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。2、公安机关与法院、法院与检察院、公安机关与检察院之间存在难以协调的矛盾。

　　职能管辖制度存在哪些问题

　　(一)具体分类中不适合由法院受理的案件，自诉案件因为当事人缺乏收集证据的能力，因此我国几乎所有的自诉案件由法院受理都存在问题。

　　1、告诉才处理的犯罪。比如侵占罪。侵占罪不宜作为自诉案件理由是明显的，侵占罪清洁简单并且隐蔽性强，不经公安机关侦查难以取证，受害人同样难以承担取证责任，在侵占人拒不承认侵占事实的情况下，被害人往往无能为力。现实中被害人往往在侵占事实发生后报案，而由于管辖原因，公安机关处理此类案件无法可依。同时，侵占罪侵害的对象是不特定第三人，或者国家集体的时候，把侵占罪列为自诉罪名，难以保护国家利益，因为现实中没有人具有自诉资格。

　　2、人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微的刑事案件。其中，重婚罪无论在何种情况下都不适合作为自诉案件处理，重婚罪破坏了民法典基本原则，社会危害性极大，不适用自诉处理。本规定其他罪名的自诉同样存在被害人难以举证的困难。

　　3、被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。此类案件不应属于自诉案件，原因是此类案件一般性质严重、情节复杂，侦查取证有一定难度，在经过追诉机关侦查或者审查起诉后尚未获得确实充分的证据，凭借被害人个人力量取证的难度可想而知。

　　(二)三机关包括公安机关与法院、法院与检察院、公安机关与检察院之间案件的管辖问题上，因为分工不明确和案件的复杂性，而存在难以协调的矛盾。在现实中，多家侦查机关共同侦查刑事案件，以及因为经济利益等原因，经常造成职能管辖错误。

　　法律依据

　　《刑事诉讼法》第三条对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。