1、性质不同：农村商业银行是股份有限公司区域金融机构，农村信用社是股份合作制企业的地方金融机构。2、发起人不同：农商行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构，目前一般都是由有一定实力的企业发起成立；而农村信用社是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构。

　　农村商业银行，是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构。

　　农村信用合作社指经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。

　　农村信用社是独立的企业法人，以其全部资产对农村信用社债务承担责任，依法享有民事权利。其财产、合法权益和依法开展的业务活动受国家法律保护。其主要任务是筹集农村闲散资金，为农业、农民和农村经济发展提供金融服务。