在分灵习俗特别旺盛的台湾，妈祖信仰因为分灵与进香等宗教活动，形成特殊的层级谱系。分灵系指地方新建庙宇，或者信徒欲在自宅供奉某一尊神明时，先到历史悠久、神迹灵验的大庙去求取神明的灵力。经过特殊的仪式之后，新塑的神像被视为祖庙神明的分身，具有相同的灵力，但是每年必须重新回到祖庙来进香、刈火，方能保持灵力不衰。分灵习俗并非妈祖信仰独有，但其影响力以妈祖最钜。

在台湾，大凡历史较为悠久的妈祖庙，都会成为邻近地区妈祖庙和信徒自宅供奉妈祖的祖庙，层层分灵传布出去后，形成一个蛛网密布的信仰系统，并且透过热闹的进香、刈火仪式，强化信仰的深度。信徒们也普遍相信，层级较高的妈祖庙，其神力灵感也较为强大(这个情况在其他地区则较不明显)。

因为这样的层级观念，台湾许多妈祖庙对于自身在层级中的地位锱铢必较，民国四十年代(1950年代)以后，台湾的各大妈祖庙之间开始有谁才是“开台妈”的争论。只要是规模较大的妈祖庙，无不在山门上大书“开基妈祖”或“开台妈祖”，标榜自己的香火乃是直接从福建湄洲祖庙而来。

1990年代，在两岸交流开放以后，台湾许多妈祖庙蜂拥前往福建湄洲岛进香，并捐款兴建殿宇。这使得妈祖庙和“妈祖遗迹”已经在文化大革命中被破坏殆尽的湄洲岛，重新迅速兴建了大量豪华的宫殿、参道和牌楼。

这种对于“祖—从”关系的争论，有时还会造成宫庙之间的不睦。但对于信徒来说，宫庙之间的争执并不造成信仰上的差别。随着妈祖信仰的影响力提升，各重要妈祖庙举办的宗教活动，往往成为强力的社会动员，乃至于沾染上政治色彩。

清朝历史学家赵翼记下了一个很有趣的台湾海峡的妈祖传说。若遇海难向神明呼救时，称“妈祖”，妈祖就会立刻不施脂粉来救人。若称“天妃”则妈祖就盛装打扮，雍容华贵地来救人，所以会很晚才到。故海上都称“妈祖”，不敢称“天妃”，希望妈祖立刻来救海难中的渔船。而台湾的妈祖传说，大概都是妈祖用裙摆挡下第二次世界大战的美军空投炸弹。二次大战期间，盟军丢两颗炸弹在大甲街上，一颗炸毁火车站一带;一颗未爆弹落在妈祖庙旁的市场边，当时镇殿妈祖的双手是张开的，民间流传是镇殿妈祖显灵接炮弹，才使镇澜宫城内一带没有受到炸弹损伤，云林西螺、屏东万丹万惠宫也有相似的传说。

也有妈祖让孩童起死回生等传说。北港朝天宫、大甲镇澜宫、彰化南瑶宫、新港奉天宫都有妈祖显灵让儿童死而复活的神迹，传说大意是：有一女性香客背着儿子(或曰孙子)一同前往，在进香途中其子(或孙)因中暑突然暴毙，女香客不得已只得暂时将其尸体放置在庙后草寮中(或曰树林下)，待进香返回时再做处理。不料回程时竟遍寻不到其尸首，女香客无可奈何只得赶回家中，待其返抵家门，竟见其儿(或孙)正在门口游玩。询问其经过，孩童说是有一位阿姨带他回家，乃知是妈祖显灵让小孩死而复活。众所皆知，人死当然不能复生，此一神迹乃表示妈祖之神通广大，能使死者复活。