在剑道独尊中有很多特色的系统，其中最给力的要属功法系统了，玩家在游戏中可以从潜龙榜里打出积分在功法殿购买功法。

游戏里每个武将都有自己的功法，只能学习自己的功法。每本功法所加的三围也不同，侠客带上功法，就相当于在一次提高了侠客的属性，变相的提高了侠客的整体实力，在功法殿可以购买侠客的功法。