2004年9月16日，GBA游戏宝可梦 绿宝石正式在日本发售。本作为为宝可梦 红宝石/蓝宝石的加强版本，封面绘有烈空坐。

游戏在宝可梦 红宝石/蓝宝石的基础上增加了新要素，剧情也有些微修改：熔岩队与海洋队为两个争斗不休的反派集团，分别唤醒了固拉多与盖欧卡，苏醒后的两只宝可梦开始了猛烈的战斗，在丰缘地区造成剧烈的天气异常现象，玩家必须唤醒第三只传说中的宝可梦──烈空坐来平息固拉多与盖欧卡的纷争。

宝可梦 绿宝石在日本首周共售出79万1000份，其中第一天就售出了37万2000份，并为日本2004年销售第四高的电子游戏。本作于美国为2005年第二畅销的游戏。共卖出了632万份。2011年，有报导称本作仍于日本持续卖出，在2010年中约卖出了7724份。

截至2005年，本作共于欧洲售出120万份，并于全球售出约500万份，使其成为第三畅销的GBA游戏，仅次于宝可梦 红宝石/蓝宝石与宝可梦 火红/叶绿。