1、组成结构不同。原子由质子和中子组成，正原子的原子核由带正电的质子和电中性的中子组成，负原子原子核中的反质子带负电。而分子是由原子构成的，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。2、物理性质不同。一切构成物质的分子都在永不停息地做无规则的运动。同种原子性质相同，不同种原子性质不相同。3、化学性质不同。分子有一定的大小和质量；原子核外分布着电子电子跃迁产生光谱。

　　分子的存在形式可以为气态、液态或固态。分子除具有平移运动外，还存在着分子的转动和分子内原子的各种类型的振动。固态分子内部的振动和转动的幅度，比气体和液体中分子的平动和转动幅度小得多，分子的这种内部运动，并不会破坏分子的固有特性。

　　通常所说的分子结构，是这些原子处在平衡位置时的结构。分子的内部运动，决定分子光谱的性质，因而利用分子光谱，可以研究分子内部运动情况。分子的构型和构象相同成分的分子中，若原子的排列次序和排列方式不同，可形成不同的分子。

　　例如C2H6O分子可以排列为乙醇分子，也可以排列为二甲醚分子，它们的结构式所示分子的结构式反映分子内部原子的排列次序。组成分子的成分相同，而排列次序不同，形成两种或两种以上的分子，这种现象称为同分异构现象，这些成分相同结构不同的分子称为同分异构体。